厦门海沧保税港区将实行检验检疫全域封闭化、信息化、集约化监管，做到进口货物入港保税、出口货物入港退税，港区内企业之间的货物交易，不征增值税和消费税。这些优惠政策对于进出口业务比例较大、近年来受出口退税比例降低、汇率变动影响较大的台资企业来说，无疑是雪中送炭。
今后厦门海沧保税港区实行“境内关外”的监管模式，将可以较好地解决这一问题，提供更多的快捷通道。
海沧保税港区地理位置优势，可以依托港口物流周边发达的高速公路、铁路交通网络，为港口物流作业、仓储、海铁联运、海陆联运、临港工业发展提供全方位的配套服务，增强厦门港口物流的集聚与辐射能力，为北连长三角、南接珠三角以及中西部地区对外开放，架设了桥梁和通道，推动中国港口物流建设更好更快发展。
台湾高雄港是个国际自由港，建立厦门海沧保税港区，将拉近厦门港与高雄港的政策差异。厦门港与高雄港仅距165海里，货运直航不到10小时。以厦门海沧港与高雄港的航程距离、国际航线走向和相近的地理位置，设立厦门海沧保税港区，可积极对接高雄港，实行更加符合国际惯例的现代港口物流海关监管模式，优化口岸物流通关环境，大大简化船舶进出港的手续，提高国际港口物流中转运输效率，提升港口物流综合竞争力，同时从更高层次上提升台湾企业发展空间。
今年5月份公布的《国务院关于支持福建加快建设海峡西岸经济区的若干意见》，明确提出要“依托保税港区和保税物流园区，建设连结海峡两岸的现代物流中心”。以更大的力度加快完善园区基础设施配套，厦门海沧保税港区努力在运用现代经营管理模式和理念、完善体制机制、开发利用人才资源等方面积极探索。海沧保税港区发挥厦门港对台区位优势和经济特区先行先试的作用，抓住机遇，积极创造条件，加强与台湾港口物流业的交流合作。
在港口物流方面，海沧保税港区已走在前面，物流办法更多了一点、港口思路更宽了一点。海沧保税港区发展港口物流业潜力巨大、大有可为，厦门海沧保税港区长期累积了口岸物流先行先试、善行善试的好经验，海沧保税港区多年打造了一支有战斗力的港口物流信息化队伍，相信厦门建设海西重要港口物流中心的目标一定能够实现。
厦门港口多年来坚持“打造国际航运枢纽港”。随着经济全球化趋势的不断加强，厦门港已经成为一个国家或地区参与国际分工合作竞争的港口物流重要战略资源，厦门港口物流国际化、便利化、信息化、功能组合化已经成为国际一流枢纽港的共同特征。